COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 17.177248 17.177248 19.520945
2021-04-09 17:00:00 17.603153 17.603153 19.878773
2021-04-08 17:00:00 15.950096 15.950096 20.244109
2021-04-07 17:00:00 14.897085 14.897085 20.585733
2021-04-06 17:00:00 24.940595 24.940595 20.865071
2021-04-05 17:00:00 28.501281 28.501281 21.196169
2021-04-04 17:00:00 21.371322 21.371322 21.425015

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 16.481994 16.481994 12.098847
2021-04-09 17:00:00 20.068611 20.068611 12.471912
2021-04-08 17:00:00 14.948732 14.948732 12.667307
2021-04-07 17:00:00 9.882671 9.882671 12.960558
2021-04-06 17:00:00 11.959288 2.768778 12.872052
2021-04-05 17:00:00 20.000000 1.154313 13.206307
2021-04-04 17:00:00 26.937269 15.590406 13.625058

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 24.289773 24.289773 24.281567
2021-04-09 17:00:00 27.272727 27.272727 24.084125
2021-04-08 17:00:00 28.596491 28.596491 24.113131
2021-04-07 17:00:00 21.037037 21.037037 24.016134
2021-04-06 17:00:00 10.659898 24.169435 23.857117
2021-04-05 17:00:00 9.248555 23.745819 23.647816
2021-04-04 17:00:00 23.611111 23.611111 23.582448

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 15.402002 15.402002 16.935373
2021-04-09 17:00:00 14.755043 14.755043 16.749254
2021-04-08 17:00:00 18.324226 18.324226 16.601705
2021-04-07 17:00:00 9.989737 15.908313 16.358167
2021-04-06 17:00:00 15.449011 15.825966 16.050210
2021-04-05 17:00:00 16.402998 37.302248 15.506556
2021-04-04 17:00:00 20.118110 20.118110 15.279191

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 13.440301 13.440301 14.339286
2021-04-09 17:00:00 13.426261 13.426261 14.443263
2021-04-08 17:00:00 13.152344 13.152344 14.556617
2021-04-07 17:00:00 11.882054 17.639339 14.741436
2021-04-06 17:00:00 19.715684 14.640566 14.695816
2021-04-05 17:00:00 23.790013 14.369610 14.757076
2021-04-04 17:00:00 14.183764 14.183764 14.801652

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 44.486581 44.486581 39.782651
2021-04-09 17:00:00 44.900422 44.900422 40.388956
2021-04-08 17:00:00 25.934861 25.934861 40.986205
2021-04-07 17:00:00 20.542083 53.245364 40.941487
2021-04-06 17:00:00 60.706063 22.782258 41.008529
2021-04-05 17:00:00 83.688341 43.553092 42.381365
2021-04-04 17:00:00 44.293903 44.293903 43.290380

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 17.006508 17.006508 14.741124
2021-04-09 17:00:00 12.918108 12.918108 14.872545
2021-04-08 17:00:00 13.958461 13.958461 15.241931
2021-04-07 17:00:00 12.773560 12.773560 15.562600
2021-04-06 17:00:00 12.909836 16.786715 15.843994
2021-04-05 17:00:00 15.527950 15.527950 16.216690
2021-04-04 17:00:00 15.666514 15.666514 16.487349

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 7.447567 7.447567 6.618003
2021-04-09 17:00:00 6.903363 6.903363 6.845162
2021-04-08 17:00:00 5.875107 5.875107 7.042649
2021-04-07 17:00:00 5.287874 5.287874 7.244753
2021-04-06 17:00:00 20.599595 5.718224 7.395925
2021-04-05 17:00:00 24.310433 7.266117 7.522264
2021-04-04 17:00:00 7.798658 7.798658 7.767029

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 15.589354 15.589354 16.287537
2021-04-09 17:00:00 15.111271 15.111271 16.542940
2021-04-08 17:00:00 13.414211 13.414211 16.464529
2021-04-07 17:00:00 11.105304 16.159696 16.421286
2021-04-06 17:00:00 17.159763 15.434501 16.552971
2021-04-05 17:00:00 26.070039 26.070039 16.419758
2021-04-04 17:00:00 18.873110 18.873110 16.521612

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 30.010091 30.010091 31.731463
2021-04-09 17:00:00 30.088738 30.088738 32.154833
2021-04-08 17:00:00 26.932059 26.932059 32.572875
2021-04-07 17:00:00 38.965570 38.965570 32.982419
2021-04-06 17:00:00 36.406926 32.457320 33.661969
2021-04-05 17:00:00 27.401130 27.401130 34.922033
2021-04-04 17:00:00 35.597440 35.597440 35.386620

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 16.897959 16.897959 13.431482
2021-04-09 17:00:00 16.986095 16.986095 13.904870
2021-04-08 17:00:00 17.326733 17.326733 14.161235
2021-04-07 17:00:00 8.965517 8.965517 14.865795
2021-04-06 17:00:00 20.820189 2.360093 14.927083
2021-04-05 17:00:00 10.520231 10.520231 14.845249
2021-04-04 17:00:00 17.468902 17.468902 15.204792

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 9.764919 9.764919 4.883534
2021-04-09 17:00:00 7.202680 7.202680 5.066905
2021-04-08 17:00:00 3.375527 4.347826 5.131210
2021-04-07 17:00:00 1.342282 0.723327 5.047487
2021-04-06 17:00:00 0.000000 0.000000 4.855001
2021-04-05 17:00:00 6.040268 3.266788 4.746571
2021-04-04 17:00:00 7.259528 7.259528 4.745470

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 5.523810 5.523810 7.405915
2021-04-09 17:00:00 6.828057 6.828057 7.569706
2021-04-08 17:00:00 7.953817 7.953817 7.646582
2021-04-07 17:00:00 7.163886 9.911745 7.745486
2021-04-06 17:00:00 7.113821 7.847682 7.920512
2021-04-05 17:00:00 14.678899 3.258656 7.770352
2021-04-04 17:00:00 10.175879 10.175879 7.786116

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 36.643836 36.643836 42.619623
2021-04-09 17:00:00 55.729167 55.729167 42.630645
2021-04-08 17:00:00 40.097800 40.097800 43.203940
2021-04-07 17:00:00 38.432836 38.432836 43.883097
2021-04-06 17:00:00 13.265306 61.479592 44.184519
2021-04-05 17:00:00 24.096386 24.096386 44.330496
2021-04-04 17:00:00 47.206704 47.206704 44.433474

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 17.372823 17.372823 20.046275
2021-04-09 17:00:00 23.469521 23.469521 20.363212
2021-04-08 17:00:00 22.503726 22.503726 20.933521
2021-04-07 17:00:00 19.047619 19.047619 21.373113
2021-04-06 17:00:00 26.817753 11.103147 21.698636
2021-04-05 17:00:00 36.265223 21.681243 22.232344
2021-04-04 17:00:00 25.145580 25.145580 22.689832

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 47.249869 47.249869 42.621888
2021-04-09 17:00:00 36.094317 36.094317 42.595249
2021-04-08 17:00:00 52.724359 52.724359 43.174422
2021-04-07 17:00:00 20.067157 20.067157 43.142613
2021-04-06 17:00:00 30.429212 40.212528 42.194501
2021-04-05 17:00:00 31.903864 84.401508 42.433018
2021-04-04 17:00:00 67.889908 67.889908 43.240487

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 10.625000 10.625000 8.786869
2021-04-09 17:00:00 8.864007 8.864007 9.008192
2021-04-08 17:00:00 6.707719 6.707719 9.072770
2021-04-07 17:00:00 9.160571 6.992821 9.288700
2021-04-06 17:00:00 8.437706 8.857143 9.352282
2021-04-05 17:00:00 14.246725 14.246725 9.499352
2021-04-04 17:00:00 9.085795 9.085795 9.609976

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 13.902715 66.720955 63.358289
2021-04-09 17:00:00 13.937766 78.919769 62.973848
2021-04-08 17:00:00 12.748886 67.066180 61.463570
2021-04-07 17:00:00 51.683066 51.683066 58.617830
2021-04-06 17:00:00 54.947368 54.947368 57.157600
2021-04-05 17:00:00 55.090909 55.090909 51.505654
2021-04-04 17:00:00 63.397876 63.397876 45.596896

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 13.124442 13.124442 12.692847
2021-04-09 17:00:00 14.392523 14.392523 12.845848
2021-04-08 17:00:00 12.143233 12.143233 13.015315
2021-04-07 17:00:00 12.233973 12.233973 13.199550
2021-04-06 17:00:00 21.554437 7.584565 13.334511
2021-04-05 17:00:00 21.946309 10.938894 13.294155
2021-04-04 17:00:00 18.644651 18.644651 13.399334

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 19.973719 19.973719 19.537455
2021-04-09 17:00:00 26.657825 26.657825 19.576029
2021-04-08 17:00:00 16.396568 22.736286 19.613835
2021-04-07 17:00:00 15.602837 15.602837 19.608333
2021-04-06 17:00:00 23.102310 20.657895 19.593491
2021-04-05 17:00:00 50.476190 6.982872 19.035775
2021-04-04 17:00:00 25.418060 25.418060 19.139600

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 34.977578 34.977578 27.631934
2021-04-09 17:00:00 27.083333 27.083333 26.130461
2021-04-08 17:00:00 20.000000 20.000000 24.541214
2021-04-07 17:00:00 14.987715 14.987715 23.154841
2021-04-06 17:00:00 36.559140 75.268817 21.746205
2021-04-05 17:00:00 84.269663 84.269663 21.738994
2021-04-04 17:00:00 35.915493 24.647887 21.364335

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-10 17:00:00 21.336032 21.336032 25.476667
2021-04-09 17:00:00 35.160142 35.160142 26.333080
2021-04-08 17:00:00 23.934426 23.934426 27.332695
2021-04-07 17:00:00 20.494374 20.494374 28.793773
2021-04-06 17:00:00 24.889543 24.889543 28.890157
2021-04-05 17:00:00 32.336821 32.336821 28.881929
2021-04-04 17:00:00 32.262456 32.262456 29.427549

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 16.481994 16.481994 12.098847
Basilicata 24.289773 24.289773 24.281567
Calabria 15.402002 15.402002 16.935373
Campania 13.440301 13.440301 14.339286
Emilia-Romagna 44.486581 44.486581 39.782651
Friuli Venezia Giulia 17.006508 17.006508 14.741124
Lazio 7.447567 7.447567 6.618003
Liguria 15.589354 15.589354 16.287537
Lombardia 30.010091 30.010091 31.731463
Marche 16.897959 16.897959 13.431482
Molise 9.764919 9.764919 4.883534
P.A. Bolzano 5.523810 5.523810 7.405915
P.A. Trento 36.643836 36.643836 42.619623
Piemonte 17.372823 17.372823 20.046275
Puglia 47.249869 47.249869 42.621888
Sardegna 10.625000 10.625000 8.786869
Sicilia 13.902715 66.720955 63.358289
Toscana 13.124442 13.124442 12.692847
Umbria 19.973719 19.973719 19.537455
Valle d'Aosta 34.977578 34.977578 27.631934
Veneto 21.336032 21.336032 25.476667

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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